Mevlâna Muhammed Ali Cevher, 1878 yılında Uttar Pradeş eyaletine bağlı Râmpûr’da doğdu. Küçük yaşta babası Abdülali Han’ın vefatı üzerine kardeşleri Şevket Ali ve Zülfikar Ali ile birlikte annesi tarafından yetiştirildi. İlk öğrenimini annesinden aldıktan sonra Aligarh’daki Mohammadan Anglo-Oriental College’de (Aligarh Koleji) eğitim gördü; ardından Allahâbâd Üniversitesi’nde lisansını tamamladı. Yüksek lisans eğitimini Oxford Üniversitesi’nde aldı ve 1902 yılında memleketine döndü. Aligarh Koleji’nde öğretmenlik yapmak istediyse de İngiliz yöneticiler, onu ihtilâlci düşünceleri sebebiyle kabul etmedi. Meslek hayatına Râmpûr ve Baroda eyaletleri eğitim bakanlıklarında başladı. Bu görevlerde iki yıl çalıştıktan sonra istifa ederek Aligarh’a döndü.

1906 yılında Dakka’da düzenlenen Müslüman Eğitim Konferansı’na (Muslim Educational Conference) katıldı. Ayrıca burada Hindistan Müslümanlar Birliği’nin (All India Muslim League) kurucuları arasında yer aldı. Gazetelerde İslâm dünyasını ilgilendiren konular hakkında makaleler yazarak gazeteciliğe başladı. 1911’de Kalküta’da İngiliz yönetimine karşı Hindular ile Müslümanların birlikte hareket etmesini savunan haftalık İngilizce Comrade gazetesini, 1913’te ise günlük Urduca Hemderd gazetesini yayımlamaya başladı. Bu iki yayın kısa sürede Hint Alt Kıtası Müslümanlarının en etkili siyasî yayın organları arasına girdi.

Muhammed Ali, özellikle 1911 Trablusgarp Savaşı ve Balkan Savaşı’ndan itibaren ağabeyi Şevket Ali ile birlikte Osmanlı Devleti ve hilâfet lehindeki faaliyetleriyle öne çıktı. Balkan Savaşı’nın ilan edilmesinin hemen ardından Hint Alt Kıtası Müslümanları, yardım faaliyetlerinin yanı sıra Muhammed Ali gibi liderlerin öncülüğünde daha farklı inisiyatiflerle harekete geçti. Bu kez bölge Müslümanlarının tepkisi Trablusgarp Savaşı’na göre çok daha sert ve organizeydi. Muhammed Ali’nin girişimiyle, daha önce Londra’da görev yapmış olan Doktor Muhtar Ahmed Ensârî başkanlığında bir sağlık heyeti kurularak İstanbul’a gönderildi.

Hindistan’da dönemin önde gelen gazeteleri, Avrupa mallarını boykot etmeye ve bağış toplamaya yönelik kampanyalar başlattılar. Bu kampanyalar halktan olağanüstü destek gördü. Neticede 1913 yılı Mayıs ayında Hint Alt Kıtası’nda toplanan yardım miktarı, bütün dünyada Osmanlı Devleti için toplanan yardım miktarının yarıdan fazlasını oluşturdu. Muhammed Ali, Aligarh Üniversitesi için toplanan fonların Türkiye’ye gönderilmesi gerektiğini savundu. Basın yoluyla kitleleri harekete geçirmesinin yanında, Balkan Savaşı sırasında yardım toplanmasına ve Türkiye’ye bir sağlık heyetinin gönderilmesine de öncülük etti. Birinci Dünya Savaşı’nın başlangıcında ise önce İttihat ve Terakkî liderleriyle yazışarak mevcut şartlarda Osmanlıların savaşa girmesinin İslâm dünyası için felâketle sonuçlanacağını belirtti ve tarafsız kalınması için çaba gösterdi; bunu başaramayınca yazılarıyla Hint Müslümanlarını İngilizlere karşı Osmanlıları desteklemeye çağırdı.

Birinci Dünya Savaşı sırasında Muhammed Ali, İslâm’ın mukaddes beldelerini gayrimüslimlerin saldırılarından korumak amacıyla Encümen-i Huddâm-ı Kâ‘be adlı cemiyetin kurulmasına da öncülük etti ve Osmanlılara verilmek üzere bir uçak alımı kampanyası başlattı. Bu faaliyetleri sebebiyle İngilizler onu 30 Mayıs 1915 tarihinde “Savunma Yasası” kapsamında tutukladılar. Savaş boyunca hapiste tutuldu ve gazeteleri kapatıldı. Ağabeyi Şevket Ali ile birlikte ancak beş yıl sonra, 25 Aralık 1919’da serbest kaldı. Hilafet Komitesi kurulduğu sırada Mevlâna Muhammed Ali hapisteydi. Eylül 1917’de, hapisteyken Hindistan Müslümanlar Birliği başkanlığına seçildi.

1919’da serbest bırakılınca Hindistan Kongre Partisi’ne katıldı ve pasif direniş sırasında Gandi’yi destekledi. Hilafet için mücadele başladığında hapiste olması sebebiyle Hilafet Hareketi’ne katılması biraz gecikti. Buna rağmen eşsiz kişiliği, cesur yapısı, samimiyeti, güçlü liderliği ve etkileyici hitabeti sayesinde kısa sürede hareketin önde gelen liderlerinden biri oldu. 19 Ocak 1920 tarihinde Muhammed Ali liderliğindeki bir grup Hintli, Delhi’de İngiliz genel valisi Chelmsford ile görüşerek Muhammed Ali tarafından hazırlanan muhtırayı sundu. İngiliz genel valisi, hilafet konusunda doğrudan bir şey yapamayacağını belirtti; ancak Hilafet Heyeti’ne Londra’da İngiliz Başbakanı ile görüşme ve Müslümanların taleplerini sunma konusunda destek sözü verdi.

Hilafet Hareketi faaliyetlerine başladıktan kısa süre sonra, Hilafet Komitesi’nin kararıyla Şubat 1920’de Muhammed Ali önderliğinde Avrupa’ya bir heyet gönderildi. Heyetin amacı, Avrupa ülkelerinin yöneticileriyle görüşerek Hint Alt Kıtası Müslümanlarının hilafetin korunmasına ilişkin duygu ve taleplerini ifade etmekti. Muhammed Ali ilk olarak Osmanlı hilâfetinin siyasî ve dinî konumuna zarar verilmesini önlemek amacıyla Londra’ya giderek İngiltere hükümetiyle yapılan müzakerelere katıldı. İstedikleri sonucu alamayınca arkadaşlarıyla birlikte Paris ve Roma’ya geçti; burada Fransız ve İtalyan yetkililerle görüştü, ayrıca toplantılarda konuşmalar yapıp makaleler yayımlayarak programını sürdürdü.

Muhammed Ali, sekiz ay sonra Ekim 1920’de Sevr Antlaşması’nın gündeme gelmesi üzerine Hindistan’a döndü. Aynı ay, daha önce kurulmasına öncülük ettiği Yeni Delhi’deki Jamia Millia Islamia’nın rektörlüğüne getirildi. 14 Eylül 1921’de İngilizler aleyhindeki faaliyetleri sebebiyle yeniden tutuklandı ve ancak 29 Ağustos 1923’te tahliye edildi. Eylül 1921’deki ikinci tutuklanmasına kadar Kalküta, Bombay, Aligarh, Allahabad ve Pencap başta olmak üzere pek çok bölgeyi gezerek geniş halk kitlelerine hitap etti.

Aralık 1923’te Hindistan Kongre Partisi’nin başkanlığına seçildi ve Hindu-Müslüman kardeşliği için çalışmaya başladı. Ancak zamanla Hindistan Müslümanlarının giderek artan Hindu iddialarına karşı daha güçlü bir himayeye ihtiyaç duyduğunu düşünerek Pakistan’ın kurulması gerektiği fikrine yöneldi. Bu süreçte Comrade ve Hemderd gazetelerini yeniden yayımlamaya başladı. Mustafa Kemal Paşa’nın 3 Mart 1924’te halifeliği kaldırdığını ilan etmesinin ardından, Mart 1924’te Kalküta’da toplanan Hilafet Konferansı’nda Muhammed Ali ve hareketin diğer liderleri bu kararı sert biçimde eleştirdiler.

1924’te Türkiye’de halifeliğin kaldırılmasından sonra siyasetini Hindistan’ın bağımsızlığı meselesi üzerinde yoğunlaştırdı. 1928’de, bağımsızlık ilkelerinden taviz verildiği gerekçesiyle Kongre Partisi’nden ayrıldı. Hindistan’ın geleceğiyle ilgili olarak Kasım 1930’da Londra’da yapılan görüşmeler sırasında rahatsızlandı ve son konuşmasında özgürlüğüne kavuşmadıkça Hindistan’a dönmeyeceğini söyledi. 4 Ocak 1931’de Londra’da vefat etti. Vasiyeti gereği Hindistan’a götürülmeyip Kudüs’te defnedildi.